crear archivos de texto conteniendo el nombre d otro archivo (tema #22949)

caoz96 · Forista Registrado: 17 Feb 2010 Mensajes: 5

Saludos,
es la primera vez que hago una pregunta en un foro de linux,
por favor perdonenme si estoy haciendo algo incorrecto,
pero no se como formular la pregunta exactamente.

La cuestion es esta:

Estoy usando un programa para docking molecular llamado AutoDock Vina 1.0 es un programita muy sencillo, el cual hace el docking a traves de un archivo de texto donde se colocan los parametros o las especificaciones para que realice el calculo de docking, es un archivo asi:

receptor = 1IR3SinSubs.pdbqt
ligand = LigAlyl01.pdbqt

center_x = -33.5920
center_y = 31.7570
center_z = 21.4830

size_x = 30
size_y = 30
size_z = 30

Donde receptor es un archivo en formato pdbqt de la proteina y ligand es un archivo pdbqt del logando, los demas son el centro y el tamaño de la caja donde va a hacer el docking.

Hasta alli no hay ningun inconveniente, el problema es que hay que hacer esto para cada docking que se quiera realizar.

Mi pregunta es la siguiente:

Sabe alguien como colocar en la parte donde dice LigAlyl01 el nombre de otros archivos, por ejemplo LigAlyl02.pdbqt y que le coloque el nombre a ese archivo LigAlyl02,

la idea es que si tengo esta cantidad de archivos que son los ligands

LigAlyl01
LigAlyl02
LigAlyl03
LigAlyl04
LigAlyl05

me haga los archivos de configuracion

LigAlyl01.txt

receptor = 1IR3SinSubs.pdbqt
ligand = LigAlyl01.pdbqt

center_x = -33.5920
center_y = 31.7570
center_z = 21.4830

size_x = 30
size_y = 30
size_z = 30

LigAlyl02.txt

receptor = 1IR3SinSubs.pdbqt
ligand = LigAlyl02.pdbqt

center_x = -33.5920
center_y = 31.7570
center_z = 21.4830

size_x = 30
size_y = 30
size_z = 30

LigAlyl03.txt

receptor = 1IR3SinSubs.pdbqt
ligand = LigAlyl03.pdbqt

center_x = -33.5920
center_y = 31.7570
center_z = 21.4830

size_x = 30
size_y = 30
size_z = 30

LigAlyl04.txt

receptor = 1IR3SinSubs.pdbqt
ligand = LigAlyl04.pdbqt

center_x = -33.5920
center_y = 31.7570
center_z = 21.4830

size_x = 30
size_y = 30
size_z = 30

LigAlyl05.txt

receptor = 1IR3SinSubs.pdbqt
ligand = LigAlyl05.pdbqt

center_x = -33.5920
center_y = 31.7570
center_z = 21.4830

size_x = 30
size_y = 30
size_z = 30

tgiskard · Forista Registrado: 19 Feb 2010 Mensajes: 1

Mac-mini:tmp tgiskard$ more generador.sh
# ----------------
# Inicio: generador.sh
# ----------------
for e in $*; do
cat <<EOF > /tmp/$e.txt
receptor = 1IR3SinSubs.pdbqt
ligand = $e.pdbqt

center_x = -33.5920
center_y = 31.7570
center_z = 21.4830

size_x = 30
size_y = 30
size_z = 30
EOF

done
# --------- Fin Script -------

ejecutar> ./generador.sh LigAlyl01 LigAlyl02 LigAlyl03 LigAlyl04 LigAlyl05

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